国立遺伝学研究所 リサーチ&イノベーション・ブリッジセンター 産学連携・知的財産室

プラットフォーム一覧

名称概要利用例URL
有用データベースのカタログによるタンパク質解析支援構造生命科学のデータベースとタンパク質の計算機解析ツールを収集したカタログを公開しています。アラインメントや構造の重ね合わせなどの基本的ツールから、立体構造予測ツールや相互作用構造の予測ツールなどがあります。データベースには、今までのナショナルプロジェクトの成果をはじめ、構造ゲノミクスの成果なども含まれています。http://p4d-info.nig.ac.jp/useful.html
VaProsによるタンパク質総合情報取得支援研究対象タンパク質の既知情報(ゲノム情報を含む)を一手に収集し、関連づけされた情報を自動提供します。

人の手を介さずに、多数のデータベースをユーザーが簡単に同時検索し、関連情報を自動的に取得する支援を実現しています。
疾患名から原因タンパク質(候補)を検索。そのタンパク質と相互作用する全タンパク質も同時検索。
タンパク質名から、立体構造既知部分を検索。相互作用する低分子も同時検索。
遺伝子名からコードするタンパク質と同時に発現するタンパク質を検索。そのタンパク質の関連キーワードを自動解析。
http://p4d-info.nig.ac.jp
S-VAR:タンパク質1残基変異の影響を推定するS-VARは、タンパク質コード領域に見られる変異が、タンパク質にどのような影響を与えるのかを推定します。
アミノ酸配列と、変異を入力することで、その変異の影響をさまざまな手法で自動推定し、すべての結果を表示します。
既存の予測方法(PolyPhen2、SIFT、PROVEAN、PANTHER)を組み合わせ、それらを統合した結果を回答します。すでに多くのユーザーが利用しています。http://p4d-info.nig.ac.jp/s-var/
エピゲノミクス高度化データベース構築次世代シーケンス(NGS)のCAGEを含めたデータ解析用プラットフォーム「Maser」を構築しました。
「Maser」では150本以上の解析ツールが利用可能な1500本以上の多様な解析メニュー(パイプライン)を構築し、その内433本を一般利用に公開中です。
「Maser」は次世代シーケンスデータの解析プラットフォームです。自分のデータを登録して解析パイプラインを実行したり、解析の処理過程を閲覧したり、解析結果をダウンロードしたりすることができます。http://cell-innovation.nig.ac.jp/index.html
日本DNAデータバンク(DDBJ)DDBJ は生命科学の研究活動をサポートするために、国際塩基配列データベースを協同運営する INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) の一員として、塩基配列データを収集しています。あわせて、自由に利用可能な塩基配列データとスーパーコンピュータシステムを提供しています。特許出願に関連した塩基配列およびアミノ酸配列データをデータベースに蓄積し、無料で公開しています。DDBJのサイトから、日本、韓国、米国、欧州の出願配列データの検索が可能です。http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-j.html