| 名称 | 概要 | 利用例 | URL |
|---|---|---|---|
| 有用データベースのカタログによるタンパク質解析支援 | 構造生命科学のデータベースとタンパク質の計算機解析ツールを収集したカタログを公開しています。 | アラインメントや構造の重ね合わせなどの基本的ツールから、立体構造予測ツールや相互作用構造の予測ツールなどがあります。データベースには、今までのナショナルプロジェクトの成果をはじめ、構造ゲノミクスの成果なども含まれています。 | http://p4d-info.nig.ac.jp/useful.html |
| ＶａＰｒｏｓによるタンパク質総合情報取得支援 | 研究対象タンパク質の既知情報（ゲノム情報を含む）を一手に収集し、関連づけされた情報を自動提供します。 人の手を介さずに、多数のデータベースをユーザーが簡単に同時検索し、関連情報を自動的に取得する支援を実現しています。 | 疾患名から原因タンパク質（候補）を検索。そのタンパク質と相互作用する全タンパク質も同時検索。 タンパク質名から、立体構造既知部分を検索。相互作用する低分子も同時検索。 遺伝子名からコードするタンパク質と同時に発現するタンパク質を検索。そのタンパク質の関連キーワードを自動解析。 | http://p4d-info.nig.ac.jp |
| Ｓ－ＶＡＲ：タンパク質１残基変異の影響を推定する | Ｓ－ＶＡＲは、タンパク質コード領域に見られる変異が、タンパク質にどのような影響を与えるのかを推定します。 アミノ酸配列と、変異を入力することで、その変異の影響をさまざまな手法で自動推定し、すべての結果を表示します。 | 既存の予測方法（ＰｏｌｙＰｈｅｎ2、ＳＩＦＴ、ＰＲＯＶＥＡＮ、ＰＡＮＴＨＥＲ）を組み合わせ、それらを統合した結果を回答します。すでに多くのユーザーが利用しています。 | http://p4d-info.nig.ac.jp/s-var/ |
| エピゲノミクス高度化データベース構築 | 次世代シーケンス（ＮＧＳ）のＣＡＧＥを含めたデータ解析用プラットフォーム「Maser」を構築しました。 「Maser」では１５０本以上の解析ツールが利用可能な１５００本以上の多様な解析メニュー（パイプライン）を構築し、その内４３３本を一般利用に公開中です。 | 「Maser」は次世代シーケンスデータの解析プラットフォームです。自分のデータを登録して解析パイプラインを実行したり、解析の処理過程を閲覧したり、解析結果をダウンロードしたりすることができます。 | http://cell-innovation.nig.ac.jp/index.html |
| 日本ＤＮＡデータバンク（ＤＤＢＪ） | DDBJ は生命科学の研究活動をサポートするために、国際塩基配列データベースを協同運営する INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) の一員として、塩基配列データを収集しています。あわせて、自由に利用可能な塩基配列データとスーパーコンピュータシステムを提供しています。 | 特許出願に関連した塩基配列およびアミノ酸配列データをデータベースに蓄積し、無料で公開しています。ＤＤＢＪのサイトから、日本、韓国、米国、欧州の出願配列データの検索が可能です。 | http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-j.html |
